Yönetici ve Yardımcı Araştırmacı Olduğu Projeler:

* Budak, A. ve KARATAŞ, A. (1995-1996), Yamanlar Dağı (İzmir) Mammalia (Insectivora, Chiroptera, Rodentia) Faunası, E.Ü. Araştırma Fonu Saymanlığı 95/FEN/016 Nolu proje ile desteklenmiştir (Yardımcı araştırmacı)

* Çakır, M. ve KARATAŞ, A. (1998-2002), Türkiye Spermophilus (Rodentia: Sciuridae) türlerinde anatomik ve karyolojik araştırmalar, N.Ü. Araştırma Fonu Saymanlığı 98/FEB/027 Nolu proje ile desteklenmiştir (Yardımcı araştırmacı)

* Savran, A., Topçu, A. ve KARATAŞ, A. (2001-2003), Niğde İli Biyolojik Çeşitliliği: Fauna ve Flora Tespiti, T.C. Niğde Valiliği İl Çevre Müdürlüğü tarafından desteklenmektedir

* KARATAŞ, A., Karataş, Ay., Karakaya, H. ve Toprak, F. (2001-2004), Türkiye Yarasaları (Mammalia: Chiroptera) ve Beslenme Biyolojileri, N.Ü. Araştırma Fonu Saymanlığı 01/FEB/027 Nolu proje ile desteklenmektedir. (Proje Yöneticisi).

Diğer Projelerdeki Katılımları:

* 1998, Beyşehir Gölü Milli Parkı Master Planı Projesi “Fauna Uzmanı” (Yardımcı araştırmacı)

* 1999, Akkuyu Nükleer Santralı Projesi ÇED ön raporunda “Fauna Uzmanı” (Yardımcı araştırmacı)

* 2000, Bakü-Ceyhan Petrol Boru Hattı Projesi ÇED ön raporunda “Fauna Uzmanı” (Yardımcı araştırmacı)